N'Djamena ligger där floderna Chari och Logone möts, vilket gör staden mycket utsatt för översvämningar. Under regnsäsongen 2024 skyddade staden 1,5 miljoner invånare trots rekordhöga vattennivåer, efter att ha rensat 35 mil dräneringskanaler och satt in 12 mobila pumpar.